随着马尼拉国际机场管理局(MIAA)宣布，从2023年4月15日开始将对尼诺·阿基诺国际机场(NAIA)进行航站楼合理化安排，菲航部分航班将受到影响，特别发文提醒有计划出国旅行的旅客。

对于2023年4月15日（含15日）之前：
菲航的美国和关岛、多伦多、温哥华、多哈、迪拜、利雅得、达曼和巴峇岛航班将继续在一号航站楼(T1)执飞，而所有国际航班将继续在二号航站楼(T2)执飞。

对于2023年4月16日（含16日）之后：
菲航的越南河内及胡志明市(西贡)、金边、新加坡、巴峇岛、迪拜、多哈、达曼、利雅得、加拿大多伦多及温哥华、美国洛杉矶、旧金山、纽约、火奴鲁鲁以及关岛的航班都将转至一号航站楼(T1)。

与此同时，菲航的国内航班以及国际航线澳大利亚的布里斯班、悉尼、珀斯和墨尔本、曼谷、韩国首尔(仁川)及釜山、日本的福冈、东京(羽田)、东京(成田)、大阪(关西)以及名古屋、中国的北京、上海、广州、晋江、厦门、香港、澳门以及台北、雅加达、吉隆坡以及莫尔兹比港都将继续在二号航站楼(T2)执飞。

对于2023年6月16日（含16日）之后：
所有菲航国际将转至一号航站楼(T1)。